Ситуация понятная и вполне традиционная.
Да, можете. Но с оговоркой.
Основной принцип аудита: аудитор не проверяет свою работу. Если человек разработал систему, он не может адекватно проверить правильность этой разработки, в т.ч. документов. Также вероятно этот человек отвечает за ряд других функций системы, например анализ данных, и даже собственно внутренние аудиты.
Аудит этих вещей поручают другому внутреннему аудитору, а наш "главный герой" очень хорошо и логично проверяет все остальные вещи, как они собственно проходят: производство, склады и т.п. Т.к. это совсем не его прямой функционал и ответственность, а есть видимо хорошее их понимание.
Из этого следует общее правило: минимум 2 внутренних аудитора. "Аудитор №2" может быть производственником, или кем-то еще.
В сильно маленькой компании, где сложно не проверять свою работу и нет никого подходящего, можно позвать аудитора извне (в т.ч. на платной основе). Например из другой компании или консультанта. В таком случае, это некий аутсорсинг (рекомендация ISO 22004). Просто надо прописать в вашей системе требования к квалификации человека извне - это несложно.
Конечно, проверяйте свою фабрику сами. Но на некоторые моменты, которые ваша прямая обязанность, задействуйте "номера два".